En 1512 fundaba en Montilla el primer marqués de Priego, don Pedro Fernández de Córdoba, un convento de franciscanos, al igual que hizo en otras villas de su estado. El establecimiento se edificó en las inmediaciones del palacio de dicha familia. A partir de 1525 pasó a convertirse en el Monasterio de Santa Clara de la rama femenina de la orden, creado por María Jesús de Luna, hija de dicho marqués, tras concederle el oportuno permiso su hermana Catalina Fernández de Córdoba como heredera del mayorazgo. Desde entonces se mantiene como un convento de clarisas franciscanas.

En esas fechas se formó su iglesia, una hermosa muestra del gótico-mudéjar cordobés, que se ha atribuido a Hernán Ruiz I. Tiene nave y cabecera cuadrada con magníficos artesonados mudéjares, que en el presbiterio ofrece una disposición ochavada, salvándose las esquinas con especie de veneras rizadas. Igualmente magnífica es la portada gótico-renacentista, con evidentes relaciones con la obra del primero de los Hernán Ruiz. Entre pináculos, se abre en arco trilobulado con cardina gótica y una compleja tracería de arquillos cruzados, cuya exuberancia ha hecho pensar en el gótico manuelino. La parte de remate se ajusta mejor a un temprano plateresco, como se ve en el nicho de Santa Clara y en sus pilastrillas.

Una visita al monasterio de Santa Clara no ofrece una simple ruta por un museo, es un edificio habitado por la comunidad de madres clarisas franciscanas donde las obras de arte, mobiliario y objetos están en el contexto para los que fueron creados. Destacan piezas de gran valor que abarcan desde el siglo XVI al XIX, de Baltasar del Águila, círculo de Luis de Morales, Valdés-Leal, Pedro Roldán, círculo de Pedro de Mena... Entre las reliquias que atesora, sobresale el Lignum Crucis regalado por la emperatriz María de Austria, la Espina de Cristo depositada por el duque de Feria, una parte del cráneo de Sta. Isabel de Hungría procedente de Neoburgo, la Virgen de la Leche que trajo de Jerusalén el marqués de Tarifa o los objetos personales de San Juan de Ávila, doctor de la Iglesia, y San Francisco Solano.

Como parte de las joyas que protegen sus muros se citan igualmente la devoción por Nuestro Padre de Familias, que presidió varias sesiones del Concilio de Trento, y el recuerdo de monjas que dejaron tras su vida una huella imborrable como Sor Ana de la Cruz Afán de Ribera, la santa condesa de Feria, la hermana Andrea de la Encarnación y otras muchas a las que se suma el legado espiritual e histórico-artístico que depositaron San Francisco de Borja o Fray Luis de Granada.

Este fantástico monumento, cuenta además con una hospedería, un lugar para alojarse rodeado de paz y tranquilidad.